La aplicación está adaptada al Plan General Contable y trabaja a 8 niveles con cuentas de 3cifras y subcuentas de 8 dígitos. Los grupos, subgrupos y cuentas de nivel 3 ya están predefinidos en el programa, aunque pueden ser rectificados por el usuario.

En cada convenio se definen los diferentes conceptos que lo integran. Así mismo se define la estructura de pagas extraordinarias y de vacaciones y los posibles complementos en casos de Incapacidad Temporal por enfermedad y accidente. Se estructuran los niveles retributivos con sus distintas categorías profesionales.
NOMINA3 dispone, además, de la posibilidad de consultar y descargar un documento PDF con los datos actualizados de los convenios oficiales publicados a nivel estatal y provincial.

Cada empresa y cada trabajador dispone de una ficha individual donde se consignarán los datos necesarios para la correcta identificación de su situación laboral y de su convenio asociado. En el caso de los trabajadores, el programa cuenta con la posibilidad de crear diferentes fichas de variación para los diferentes cambios contractuales que pueden darse a lo largo de su vida
laboral en la empresa.
Para facilitar la entrada inicial de datos, ambos ficheros pueden recibir datos automáticamente a través de la importación de los  movimientos de un fichero ITA (Informe de Trabajadores en Alta) de la TGSS.

A partir de los datos introducidos en los convenios, el programa calculará los salariosde los trabajadores.
El cálculo de salarios se realiza una vez seleccionado el período (meses del año, pagas extraordinarias y atrasos) y entradas las incidencias (retribuciones variables y absentismos) del período a devengar.
Se han previsto los siguientes motivos de absentismo: vacaciones, permiso retribuido, permiso no retribuido, huelga o sanción, enfermedad, recaída, accidente (con o sin hospitalización), maternidad o paternidad, accidente de trabajo… Los salarios calculados muestran el detalle de los conceptos salariales, valores unitarios, cantidades, finiquitos, descuentos, retenciones, anticipos y otras deducciones.

Al efectuar cualquier modificación posterior al cálculo inicial, el programa recalcula los conceptos, importe devengado, bases de cotización, retenciones e importe líquido de la hoja salarial. Desde la misma pantalla de cálculo podemos visualizar, imprimir y revisar periodos anteriores.

Permite la entrada de incidencias salariales, mensuales o para un período determinado, que afectarán al salario de un determinado trabajador, más allá de su nivel retributivo. Una de las opciones que puede introducirse, es la anotación de embargos, que el programa aplicará sucesivamente y en la proporción adecuada al calcular los salarios, hasta aplicar su totalidad.

El cálculo de salarios genera automáticamente la información necesaria para confeccionar los tramos de cotización de los trabajadores. Esta información se traslada fácilmente en forma de grabación de fichero electrónico para SILTRA, en los formatos previstos por la TGSS.
Todas las respuestas recibidas en SILTRA pueden interpretarse desde el programa para su inmediata identificación y relación con las empresas y/o trabajadores a quienes puedan afectar. El programa permite solicitar e incorporar los costes de Seguridad Social que calcula la TGSS y compararlos con el borrador que genera el propio programa. En paralelo a las obligaciones de cotización, el programa también genera los ficheros de los Conceptos Retributivos Abonados (CRA).

El programa calcula y actualiza en cada período los acumulados y los porcentajes de retencióncoherentes con las percepciones anuales de los trabajadores y su situación familiar. Esta información se traslada a los modelos 111 y 190 para la Agencia Tributaria, en forma de listado resumen o en forma de fichero telemático, apto para su presentación en la Sede Electrónica.
También pueden entrase los datos correspondientes a perceptores externos sujetos a retención de IRPF por actividad económica. Puede obtenerse una plantilla del modelo 145 de Comunicación de datos al pagador, para su entrega a los trabajadores, con el fin de que anoten su situación personal y familiar que afecte al correcto cálculo del IRPF.

Los recibos de salario pueden mostrarse para un trabajador individual, de una empresa o de todas
ellas. Pueden obtenerse en formato para impresión, exportarse a PDF o formar parte de un envío automático de e-mail a empresas o a trabajadores.
El programa permite, opcionalmente, confeccionar los cheques de una empresa determinada, imprimir una relación de transferencias o grabarlas según la norma SEPA para su envío a las entidades bancarias.

Al crear una ficha de trabajador, dar como finalizada una relación laboral o generar una variación de la misma, el programa genera un fichero electrónico relativo a los procesos de afiliación (altas, bajas, variaciones) para el Sistema de la TGSS a través de la aplicación SILTRA (ficheros AFI), los ficheros de comunicación a la contratación (Contrat@) y los certificados de empresa (Certific@2) del Servicio Público de Empleo.
El programa cuenta con una herramienta de interpretación de los ficheros de respuesta recibidos del Servicio Público de Empleo para comprobar las incidencias o posibles errores cometidos en el envío.
Los contratos también pueden confeccionarse para su impresión a partir de los modelos predefinidos en el programa. Una vez confeccionados pueden almacenarse en la ficha del trabajadorpara su posterior consulta.

El programa permite la grabación de los ficheros electrónicos FDI para la comunicación de bajas, altas y partes de confirmación de procesos de IT, así como los certificados de empresa para la solicitud de prestaciones por nacimiento o cuidado del menor, a través de la aplicación SILTRA.
Adicionalmente, también pueden obtenerse en formato para su impresión los certificados de empresa de solicitud de prestaciones por nacimiento o cuidado del menor, de riesgo por embarazo, incapacidad temporal o jubilación.

Pueden imprimirse los siguientes resúmenes anuales: absentismo, cálculo de vacaciones, cálculo de personal en plantilla, cálculo de personal asalariado, devengos anuales, costes salariales y registro valor del salario medio.